上一部结尾,尼奥(基奴李维斯饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。